Das Ökosystem-Monitoring und das Insektenmonitoring wurden vom Bundesamt für Naturschutz (BfN) entwickelt. Beide Programme nutzen die bundesweit repräsentativen Stichprobenflächen, die bereits 2004 eingerichtet wurden und die für Deutschland typischen Standortverhältnisse in ihrer gesamten Bandbreite abdecken.

Der große Vorteil: Statt überall in Deutschland Daten zu erheben, konzentriert sich die Erfassung auf diese ausgewählten Flächen. So lassen sich mit deutlich weniger Aufwand und Kosten verlässliche Ergebnisse für ganz Deutschland ableiten. Neben dem regelmäßigen Monitoring häufiger Brutvögel findet auf diesen Stichprobenflächen auch das Monitoring für den HNV-Farmland-Indikator (HNV = High Nature Value) statt. Letzterer ist ein Pflichtindikator für die Förderung von Programmen aus der zweiten Säule der gemeinsamen Agrarpolitik der EU (GAP). Durch die räumliche Bündelung des Monitorings lassen sich Daten aus verschiedenen Programmen kombinieren und liefern damit zusätzliche Erkenntnisse, die über die ursprünglichen Fragestellungen hinausgehen.

Das Ökosystem-Monitoring wurde durch das BfN im Rahmen von Forschungs- und Entwicklungsvorhaben entwickelt. Es erfasst wiederholt, systematisch und flächendeckend Daten zum Zustand und zu den Veränderungen der Biotope auf bundesweit repräsentativen Stichprobenflächen. Damit können Veränderungen dieser Biotope der Gesamtlandschaft, von Salzgrünland und Hochmoor bis hin zu Brombeergebüsch und Buchenwald gezielt ermittelt werden. 

Die Erfassung erfolgt im Grundprogramm, einem Set von insgesamt 1.000 Stichprobenflächen, die das Statistische Bundesamt für das Brutvogelmonitoring über eine doppelt geschichtete Stichprobenziehung ausgewählt hat. Für die einzelnen Bundesländer gibt es darüber hinaus eine Erweiterungsmöglichkeit, das sogenannte Vertiefungsprogramm von 2.637 Flächen, mit dem statistisch abgesicherte Aussagen auch auf Ebene der Bundesländer möglich sind. 

Am 23. August 2024 wurde die Verwaltungsvereinbarung zwischen Bund und Ländern über die gemeinsame Finanzierung der Durchführung des bundesweiten Ökosystem-Monitorings verabschiedet. Inzwischen haben vier Bundesländer die Verwaltungsvereinbarung bereits unterzeichnet und beginnen ab 2026 mit der praktischen Umsetzung des Ökosystem-Monitorings. Mit weiteren sechs Ländern befindet sich das BfN im Austausch. Damit kann ein sehr großer Anteil der Stichprobenflächen erfasst werden.

Mit dem Ökosystem-Monitoring wird eine wesentliche Wissenslücke zum Zustand und Entwicklung der Biotope in der Gesamtlandschaft geschlossen. 

Ziel des bundesweiten Insektenmonitorings ist eine einheitliche, systematische und regelmäßige Erfassung häufiger und seltener Insektenarten. Auf Basis dieser Daten können Aussagen zu Zustand und Entwicklung der Insektenfauna getroffen und die Wirksamkeit von Schutzmaßnahmen bewertet werden. 

Die Verwaltungsvereinbarung zum Insektenmonitoring wird derzeit auf Bundesseite finalisiert. Ausgangspunkt ist weiterhin, dass 50 % der den Ländern entstehenden Monitoringkosten vom Bund getragen werden. Anschließend soll sie mit den Ländern abgestimmt werden. Das administrative Verfahren für das Insektenmonitoring wird nach dem gleichen Prinzip wie die Verwaltungsvereinbarung zum Ökosystem-Monitoring zwischen Bund und Ländern geregelt.