Im Rahmen der Überwachungsprogramme nach der Meeresstrategie‑Rahmenrichtlinie (MSRL) wird der Zustand der Meeresumwelt in Nord‑ und Ostsee systematisch erfasst und bewertet sowie Schutzmaßnahmen entwickelt und umgesetzt, um einen guten Umweltzustand der Meeresgewässer zu erreichen und zu erhalten. Das Monitoring wird durch die Bund/Länder Arbeitsgemeinschaft Nord- und Ostsee (BLANO) koordiniert. Umgesetzt wird es durch die Küstenbundesländer im Küstenmeer und durch den Bund in der ausschließlichen Wirtschaftszone (AWZ). Im biologischen Monitoring werden in pelagischen und benthischen Habitaten Daten zu Makrophyten und Phytoplankton, Fischen, Zooplankton, Vögeln, Makrozoobenthos sowie marinen Säugetieren erhoben, dabei werden auch nicht einheimische Arten erfasst. Um den Zustand der Meeresumwelt umfassend zu beschreiben, werden auch Monitoringprogramme zur Erhebung chemischer (Schad- und Nährstoffe) und physikalischer Parameter durchgeführt sowie menschliche Nutzungen und Belastungen (u.a. Energieeinträge, Abfälle und Müll) erfasst. Die MSRL definiert 11 Deskriptoren des guten Umweltzustands (GES), für die jeweils Kriterien und dazugehörige Indikatoren festgelegt sind. Die biologische Vielfalt wird gezielt im Deskriptor Biologische Vielfalt (D1) adressiert, wobei auch weitere Deskriptoren wie Nicht-einheimische Arten (D2), Zustand kommerzieller Fisch- und Schalentierbestände (D3), Nahrungsnetze (D4) und Meeresboden (D6) Bezug zur Biodiversität haben. Um die Vergleichbarkeit innerhalb der Meeresregionen zu gewährleisten, stimmt Deutschland die Entwicklung und Durchführung des Monitorings mit den Anrainerstaaten der Nord- und Ostsee im Rahmen von regionalen Übereinkommen und Kooperationen, wie OSPAR, HELCOM und der Trilateralen Wattenmeerkooperation (TWSC), ab. Alle sechs Jahre werden die Berichte zu Bewirtschaftungsplänen, Maßnahmenprogrammen und der Gewässerüberwachung nach der Wasserrahmenrichtlinie erstellt, an die Europäische Kommission übermittelt und veröffentlicht.